A l'Académie Cross, un internat réputé, coexistent deux types de classes.
Tout d'abord : la Day Class, elle accueille des élèves ordinaires ayant cours le jour et vivant dans une partie spécifique de l'internat pendant le reste du temps.
De l'autre : la Night Class, tous les élèves y sont beaux, brillants... mais aussi (et c'est un secret) vampires. Ils ont cours la nuit et vivent dans l'autre partie de l'internat pendant la journée.
Yûki, la fille adoptive du directeur de l'Académie Cross, n'a aucun souvenir de sa vie avant ses cinq ans. Quant à Zero, il hait les vampires depuis que l'un deux a massacré sa famille. Il a également été accueilli par le directeur. Les deux enfants ont grandi ensemble et sont les Gardiens protégeant le secret de la Night Class.
Cependant un lourd secret pèse sur Zero : il a été mordu par un vampire au Sang Pur ce qui le mènera inéluctablement vers un destin tragique. Pendant quatre années, au prix d'une immense souffrance, il a résisté de toutes ses forces à ses instincts... Jusqu'au jour récent où il a enfoncé ses canines dans la gorge de Yûki! C'était juste avant la fin de l'année scolaire.
Yûki a été extrêmement choquée d'apprendre que son ami d'enfance est en réalité un vampire. Elle ne l'imaginait pas une seule seconde, lui qui les déteste tant. Une fois le choc passé, elle décida de tout faire pour venir en aide à Zero.
Il y a cependant quelqu'un de l'Académie qui voit d'un très mauvais œil cette décision: Kaname Kuran, le président de la Night Class. C'est un vampire au sang-pur. Il a sauvé Yûki lorsqu'elle était enfant et depuis ce jour la jeune fille est amoureuse de lui. Elle sait qu'il fera toujours tout pour la protéger... même la faire souffrir si c'est pour la garder en vie